Como usar TouchGraph Navigator y no morir en el intento
Como comentaba en el post anterior llevo varias semanas lidiando con TouchGraph Navigator, la versión de pago de Google. Me ha recordado a los programas de Microsoft que son de pago, pero funcionan mal. Esta herramienta se ajusta al estilo minimalista de Google, por ese motivo los mensajes de error son tan transparentes que no se ven. Esta estética no favorece nada a la depuración y hace perder mucho tiempo.
Para poder mostrar que la visualización no es algo complejo se utilizará el mismo método de explicación que en las herramientas GraphViz y Pajek. mediante un procedimiento en tres pasos:
Preparar datos de origen: Los datos del meme recogidos en una hoja de cálculo se salvan en formato texto separados por tabulaciones.
Transformar datos a formato .xml: Se aplica un filtro awk al fichero de texto separado por tabulaciones y se genera un fichero en formato xml.
Generar el gráfico: Se procesa el fichero .xml con el programa TouchGraph Navigator
El resultado obtenido con TouchGraph se puede observar en estas tres imágenes estáticas. Corresponde a la agrupación de los blogs que han participado en el meme de Enjut@ Mojamut@ según: género, fecha de la participación y grado de influencia en la propagación. No ha sido posible publicar los resultados de una forma interactiva por razones que se explican más adelante.
Al pulsar en las imágenes aparecerán en su tamaño real.
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Agrupación por género: En el halo rosa se encuentran los blogs femeninos y en azul los masculinos |
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Agrupación en torno a la fecha de propagación: Los blogs aparecen agrupados por su coincidencia temporal en la propagación del meme. |
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Agrupación en relación en la influencia en la propagación del meme: Se han clasificado los blogs en cinco TIERs según el número total de memes de los que son origen, directa o indirectamente: TIER-5 50 o más de 50, TIER-4 entre 49 y 25, TIER-3 entre 24 y 10, TIER-2 entre 9 y 5, TIER-1 entre 4 y 1 y TIER 0 los que no ha propagado el meme. |
Entorno de ejecución:
| Local | Es necesario bajarse el awk para Windows, tener instalada la maquina java y descargarse TouchGraph Navigator |
| Servidor | No apto para una doctoranda sin recursos. |
TouchGraph Navigator aporta las siguientes mejoras sobre la versión liberada:
- Permite capturar los datos desde una hoja de cálculo Excel además de la opción del fichero XML. Esto facilita la captura de datos desde herramientas ofimáticas y no precisa una transformación de los datos a un formato XML.
- Amplía las posibilidades de visualización y mejora la estética.
Cuando empecé a utilizar la herramienta me pareció sencilla hasta que intenté visualizar “El meme de enjut@ Mojamut@”. Me llevó una semana descubrir que el tamaño si importa. Para que me funcionara tuve que acortar el número de nodos a 135 (elegí los blogs con una fecha más temprana de publicación del meme). Además, la interfaz Excel producía resultados erróneos aunque afortunadamente la entrada de datos por xml mostró mejor comportamiento.
El segundo tropiezo fue cuando intenté publicar en la web los resultados. Me devolvía el error de que no tenía licencia y me invitaba a pasar por caja. Por este motivo los resultados mostrados de la evaluación de la herramienta son estáticos en vez de dinámicos, como a mi me habría gustado. Por supuesto en la página de descarga de la versión de evaluación no se indicaba las limitaciones de la herramienta en cuanto al tamaño del grafo ni las condiciones para la publicación de los resultados en la Web. Solo me queda pedir una licencia como betatester a los de TouchGraph Navigator para poner a prueba su sensibilidad con los tesistas.
Visualizando con TouchGraph free
Este post se lo dedico a Loretahur, a la que admiro en sus múltiples facetas y que en un plis-plas me ha solucionado el problema de alojamiento de la visualización en TouchGraph. Muchas gracias Lorena.
TouchGraph es un programa escrito en java que permite visualizar y navegar interactivamente por redes de información interrelacionada. Existen dos modalidades, una versión liberada en sourceforge y una versión de pago propiedad de Google. He querido probar ambas versiones antes de publicar este post.
Aunque en la versión liberada la documentación es escasa, no me costó mucho hacerla funcionar. Sin embargo, TouchGraph Navigator, la versión de pago, ha resultado ser muy cansina. Durante dos semanas he intentado hacer que visualizase la propagación de El meme de Enjut@ Mojamut@ con resultados desconcertantes. Al final he llegado a la conclusión de que está limitado el numero de nodos de la red, no sé si en la versión de evaluación que me descargado o si el problema también existe en la versión de pago. Al menos he acotado el problema y he podido ver como funciona.
Por razones de extensión en este post se explicará como visualizar con la versión liberada de TouchGraph y dejaré para un segunda parte cómo usar TouchGraph Navigator y no morir en el intento.
Pulsando en la siguiente figura se accederá a la visualización de la propagación del meme de Enjut@ Mojamut@. Pido disculpas, pero solo funciona en Firefox.
Ayuda a la navegación:
Situación inicial:
- Aparecen todos los nombres de los blogs agrupados. Situar el ratón encina de los nombres hasta que aparezca la palabra inicio.
- Pulsar con el botón derecho del ratón y en el menú asociado seleccionar “Expand node”
- Se desplegará la visualización.
Navegación:
- Barra superior: Controla el zoom. Hacia la derecha aumenta y hacia la izquierda disminuye
- Barra inferior: Controla el scroll
- Cursor sobre el nodo: Aparece información sobre el blog
- Botón derecho del ratón: Permite, expandir, comprimir o seleccionar el nodo
- Botón izquierdo del ratón: Enlaza al blog seleccionado en ese momento.
Información de los nodos:
- Color: Los nodos morados son de blogueras y los rojos son de Blogueros
- Formas: El rectángulo con esquinas redondeadas representa a los blogs que han propagado el meme y el rectángulo a los blogs que no lo han propagado.
- Tamaño de letra: Las letras de tamaño grande corresponden a los blogs que han propagado indirectamente más de 10 memes, las letras más pequeñas a los que no han propagado ningún meme y las letras de tamaño mediano al resto.
- Número asociado: indica que el nodo está comprimido y que se puede expandir en n conexiones
¿Cómo lo he hecho?
Como ya es costumbre, para poder mostrar que la visualización no es algo complejo se utilizará el mismo método de explicación que en las herramientas GraphViz y Pajek. mediante un procedimiento en tres pasos:
Preparar datos de origen: Los datos del meme recogidos en una hoja de cálculo se salvan en formato texto separados por tabulaciones.
Transformar datos a formato .xml: Se aplica un filtro awk al fichero de texto separado por tabulaciones y se genera un fichero en formato xml.
Generar el gráfico: Se procesa el fichero .xml con el programa TouchGraph
- Filtro awk: memes_precedencias_touchgraph.awk
- fichero xml generado: precedencias.xml
- Comando para generar el fichero .xml
Entorno de ejecución local:
- Es necesario bajarse el awk para Windows, tener instalada la maquina java y descargarse Touchgraph libeado.
Entorno de ejecución en servidor con java:
- Subir a un directorio: BrowserLauncher.jar, nanoxml-2.1.1.jar, TGGraphLayout.jar, TGLinkBrowser.jar, el fichero html para lanzar la visualización y el fichero xml.
Matriz geodésica con Pajek
Como comentaba en el post anterior, Pajek es más que un visualizador de grafos, es un programa de análisis de redes que nos permite descubrir características de los nodos de la red.
Una de las funcionalidades que ofrece Pajek es el cálculo de la matriz geodésica. Esta matriz contiene todos los posibles caminos de distancia geodésica entre los nodos de la red. La distancia geodésica es “el número mínimo de pasos de un nodo a otro“.
La figura que encabeza este post (pulsando en la imagen se puede ver a tamaño real), visualiza la matriz geodésica que nos muestra la conectividad total entre todos los nodos y nos permite apreciar visualmente los nodos que más han favorecido la propagación de El meme de Enjut@ Mojamut@: Seccion Femenina, Colgado de las telecomunicaciones, Consultoria artesana en red, Carlos Garcia Argos , El albañil de Software, BarriBlog, El bloc de Carmen Pla, Opcion Web, Gamoia,
Pisito en Madrid, Diario de una profesional con niños, Tiscar.com, Freak s city, Hecho en Marbella y Eduardo Collado.
Alguno de los que han participado en este meme los estoy siguiendo en Twitter, como @tiscar, @fernand0,@carmepla, @petezin,@chiqui, @amfumero, @davidbs, @julen, @pisitoenmadrid,@ecollado,@ebrito, @emper, @labambola.
Es pequeñito el barrio y coincidimos en muchos sitios.
Visualizando con Pajek el meme de Enjut@ Mojamut@
Este post documenta el uso de la herramienta Pajek para visualizar la propagación del meme de Enjut@ Mojamut@, por tanto continua a la saga: Exprimiendo el meme de Enjut@ Mojamut@, Juntos pero no revueltos y Visualizando con GraphViz el meme de Enjut@ Mojamut@.
El proyecto Pajek, traducción del slovenio ‘Araña’, fue creado en 1996 por Vladimir Batagelj y Andrej Mrvar de la Universidad de Ljubljana, Slovenia. El Software de Pajek funciona bajo la plataforma de Windows y es de libre distribución para uso no comerciales. Es una herramienta muy completa para los que estudian redes complejas, entre ellas las sociales. En este manual se describen todas sus posibilidades. Entre sus funciones está la de visualizar grafos, cuyas posibilidades se explicarán a lo largo de este post.
Pajek trabaja con un formato de entrada .net. No tiene definida la gramática formal, pero se se ajusta a esta notación BNF.
Para poder mostrar que la visualización no es algo complejo se utilizará el mismo método de explicación que en la herramienta GraphViz. mediante un procedimiento en tres pasos:
Preparar datos de origen: Los datos del meme recogidos en una hoja de cálculo se salvan en formato texto separados por tabulaciones.
Transformar datos a formato .net: Se aplica un filtro awk al fichero de texto separado por tabulaciones y se genera un fichero en formato net.
Generar el gráfico: Se procesa el fichero .net con el programa Pajek
Al pulsar en las imágenes aparecerán en su tamaño real.
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Circular |
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Se han realizado tres visualizaciones en 2D, cada una con un layout distinto. El filtro awk aplicado y el fichero .net generado es el mismo para las los tres layouts:
- Filtro awk: memes_precedencias_pajek.awk
- fichero net generado: precedencias.net
- Comando para generar el fichero .net
Entorno de ejecución es Windows
| Es necesario bajarse el awk para Windows y el Pajek |
Pajek permite generar grafos en dos o tres dimensiones con distintos layouts y exportar a distintos formatos.
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Layout |
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Cicurlar
Layout generado automáticamente.
EigenValues Dibuja usando eigenvalues/eigenvectors (algoritmo de Lanczos). |
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Formatos de salida |
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| Imágenes en 2D | Imágenes en 3D
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Visualizando con Graphviz el meme de Enjut@ Mojamut@
Este post es la continuación de la entrada “Juntos pero no revueltos” y aquí se publicarán algunas visualizaciones estáticas del meme de Enjut@ Mojamut@ y el proceso que he seguido para obtenerlas. El objetivo es mostrar que visualizar está al alcance de todos los que quieran ponerse a ello.
El pasado mes de marzo en un post titulado “Graphviz” se describió esta herramienta ilustrándola con varios ejemplos de visualización realizados por Gustavo Romero, estudiante de Telecomunicaciones en la Universidad Carlos III. Basándome en su experiencia (tuvo la amabilidad de pasarme sus fuentes) la he aplicado al meme de Enjut@ Mojamu@ haciendo algunos cambios en el tipo de herramienta de filtrado de datos. A continuación se describe el procedimiento en tres pasos:
Preparar datos de origen: Los datos del meme recogidos en una hoja de cálculo se salvan en formato texto separados por tabulaciones.
Transformar datos a formato dot: Se aplica un filtro awk al fichero de texto separado por tabulaciones y se genera un fichero en formato dot.
Generar el gráfico: Se procesa el fichero dot con el programa Graphviz.
Se han realizado tres visualizaciones que se presentan a continuación indicando el filtro awk aplicado, el fichero dot generado y el tipo de visualización elegida. En el post de Graphviz se explican los tipos de visualización de esta herramienta.
Al pulsar en las imágenes aparecerán en su tamaño real.
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Grafo libre: Esta visualización corresponde al dibujo de la propagación del meme sin ninguna restricción.
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Grafo por nivel de propagación: esta visualización corresponde al dibujo de la propagación del meme en la que se ha forzado a que los nodos se sitúen en su nivel de propagación.
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Grafo por tiempo de propagación: esta visualización corresponde al dibujo de la propagación del meme en la que se ha forzado a que los nodos se sitúen en su día publicación.
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Entornos de ejecución
| Linux | Utilizar el comando awk y bajarse el ejecutable para Graphviz para linux. |
| Windows | Bajarse el awk para Windows y el Graphviz para Windows |
El diablo Cojuelo
Barriblog necesita analizar el código HTML de TODAS las páginas de los blogs para encontrar sus relaciones. Es la única manera de poder establecer los vínculos de vecindad salvo que alguien más astuto este guardando todos los rss de los blogs desde el inicio de la blogosfera. Estoy segura que esa información está en algún lugar pero no creo que me dieran un API para acceder a ella ni para una tesis doctoral. El único camino que queda es arremangarse y sacar la información desde fuera.
Llevo un mes dejándome las pestañas en esquivar todos los errores del código HTML de los blogs que estoy analizando. No es fácil cumplir la W3C, prácticamente nadie la cumple, ni siquiera el código que generan las plataformas de blogs se ajustan al estándar. A esta dificultad hay que añadir la mano de los bloggers incrustando HTML a su libre albedrío, que he podido comprobar cuan diverso es: no cabría ni en la long tail.
Mi buen amigo Jesús Sánchez conoce mi capacidad de esquivar los obstáculos en la programación. En el taller de visualización quedó un poco escandalizado de los trucos de una experimentada softwarera. Toda esa capacidad la he desplegado para BarriBlog pero en este momento, tras gestionar siete flags de contexto para sortear los fallos sintácticos, he exclamado antes de incluir el octavo: ¡BASTA YA! En su lugar acabo de implementar una rutina de manejo de errores sintácticos: El código HTML que no cubran los siete flags lo desecho y me sincronizo con el siguiente TAG. Ya me duele tirar información pero todo tiene su límite y hoy lo he alcanzado
Me ha venido a la cabeza el delicioso libro “El diablo Cojuelo” que leí en mi juventud mientras entraba en las tripas de los blogs para que Lestat, el programa raíz de BarriBlog, les succionara la información para estructurarla. Esto me ha permitido ver el interior de los blogs al margen de su fachada o fama. Algo parecido lo que vio Don Cleofás cuando el Diablo Cojuelo, como pago de su a liberación, le mostró los hogares de Madrid por dentro y qué miserias esconden:
Y levantando a los techos de los edificios, por arte diabólica, lo hojaldrado, se descubrió la carne del pastelón de Madrid como entonces estaba, patentemente, que por el mucho calor estivo estaba con menos celosías, y tanta variedad de sabandijas racionales en esta arca del mundo, que la del diluvio, comparada con ella, fue de capas y gorras.
He analizado los 100 blogs de la tesis de Tiscar y de algunos de mis blogs favoritos. Sorprendería lo que he visto y dónde lo he visto, pero como mujer discreta que soy me reservo el secreto como si fuera de confesión y no daré nombres, pero es difícil que olvide a los blogs que me han hecho perder tanto tiempo.
También he descubierto algunas cosas del código HTML que genera Blogger, pero eso como Schehrazada lo dejaré para otro día
Aún me quedan unas cuantas fases de lestat pero por fin he cerrado el capítulo del adaptarme al medio de sintaxis difusas. Ahora, iré al grano.
Primera semana en el taller de visualización
Después de una semana de inmersión visual estas son las conclusiones a las que hemos llegado el grupo de trabajo.
Desde aquí le doy las gracias a las personas que están colaborando en el proyecto: Jesús Sánchez, Tiscar Lara, y Pilar Gonzalo, al equipo de Bestiario que nos han orientado visualmente y al director del taller Jose Luis de Vicente y a todo el equipo de MediaLab por hacer esto posible.
El Hada madrina
Después de volver a la línea de comandos he oscilado por todos los posibles estados de ánimo positivos y negativos: entusiasmo, frustración, desesperación, esperanza, cansancio, tedio…
Volver a teclear una aplicación desde cero, es algo que tenía olvidado en alguna parte de mi cerebro. Empecé con el entusiasmo propio de arrancar algo nuevo, me frustré hasta llegar a la desesperación. Empecé con el problema de. NO ME COMPILA pasé al NO SE EJECUTA y de allí a algo peor NO SE EJECUTA COMO YO PIENSO. Vi la luz y con ello llegó la esperanza pero el trabajo se torno en repetitivo y tedioso y me costaba ponerme a teclear.
Mi hada madrina me toco con una varita mágica y encontré en un post de Tíscar esa ilusión que tanta falta me hacía:
Convocatoria para la presentación de comunicaciones y proyectos
Se abre la convocatoria para la selección de trabajos teóricos que se presentarán en el simposio internacional Visualizar, así como para la selección de las propuestas que se llevarán a cabo durante el taller de producción dirigido por Benjamin Fry, Bestiario y Adrian Holovaty…..
Me tendré que poner las pilas no sea que en un reloj den las 12:00 y se rompa el hechizo
Volver, volver, volver….
Después de algunas tentativas, esta semana me he instalado el entorno de desarrollo en mi portátil. Estoy utilizando cygwin que me da el mismo servicio que tener que instalado linux para desarrollar los programas de BarriBlog ¡He vuelto a la línea de comandos!
cygwin es una librería que emula linux sobre windows y en un entorno like-linux. Lo que se desarrolla sobre cygwin se puede ejecutar en un entorno linux compilando los fuentes. Los administradores de cygwin también se encargan de estructurar el SW de GNU en paquetes para que se realicen las instalaciones del entorno de desarrollo a medida. Me he instalado flex (versión del lex del UNIX), bison (adaptado por el mismísimo Richard Stallman para hacerlo compatible con yacc de UNIX), el compilador de c, el make y el editor vin (versión mejorada del editor vi), más un conjunto básico de comandos.
He rescatado del fondo de armario unas macros para el editor “vi” que ponen cabeceras a los programas para documentarlos como Dios manda. El diseño original de estas cabeceras data del 1980, del primer proyecto en el que trabajé ¡Y aún están vigentes! La metodología SW que aprendí en mi primer trabajo ha ido conmigo por todos los proyectos mejorándose y automatizándose. Este proyecto no iba a ser menos.
Me he sorprendido después de tantos años pervertida por el entorno gráfico de Windows que la línea de comandos me sea tan cómoda. De forma automática voy recordando todo, incluso el editor “vi” que me costó muchísimo aprender porque no es nada evidente y le tomé cierta tirria. Vean esta canción dedicada a editor vi.
Podría emular a Fray Luis de León diciendo algo como: “Como tecleábamos ayer..” Pero me pude dar cuenta que el tiempo pasa cuando le conté con toda mi ilusión a un compañero que ya tenía el entorno de desarrollo de BarriBlog y me contestó:
- ¡Estas loca! ¿Lo vas a programar tu? ¡Venga, mujer! ¡Eso se subcontrata!
Porca miseria de los tiempos que corren
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Acerca de este blog
Esta es la bitácora de M. Luz Congosto que he creado para recoger los avatares de esa aventura que se llama Doctorado. Soy una tesista en la Universidad Carlos III, intentando realizar una herramienta para descubrir barrios de blogs.
